O Hospital Infantil Darcy Vargas foi inaugurado no dia 25 de dezembro de 1958. Inicialmente, foi denominado “Hospital Infantil Morumby S.A.” e posteriormente, no começo da década de 60, foi alterado para Hospital Infantil Darcy Vargas, em homenagem a ex-primeira dama, esposa do ex-presidente Getúlio Vargas, que governou o país no período de 1930 a 1945 e de 1951 a 1954, e fundadora da Legião Brasileira de Assistência no ano de 1942.

O projeto arquitetônico, em estilo monobloco, é de autoria do arquiteto Oswaldo Arthur Bratke, falecido em 1997.

Logo após a inauguração, o hospital, que foi idealizado por particulares, foi encampado pela LBA – Legião Brasileira de Assistência, instituição vinculada ao Governo Federal. Mais tarde, em 01 de abril de 1978, através da Lei nº 6439/77 e Portaria MPAS nº 838/77 foi repassado ao INAMPS – Instituto Nacional de Assistência Médica da Previdência Social, órgão vinculado ao Ministério da Saúde.

Em 1988, com a celebração do Convênio SUDS 1/88 (Sistema Unificado e Descentralizado de Saúde) entre os Governos Estadual e Federal, a administração do hospital passou para a Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo.